塩基配列中に改行が入ったFASTAファイルを2行単位のFASTAファイルに変換するシェルスクリプトです。Linux環境で動きます。 アセンブルしたデータやオンラインデータベースからダウンロードしたFASTAファイルは、配列中に改行が入っていることがしばしばです。

Calculating the metrics for an input fasta file, formatting an assembly fasta file for blast, blast input gene fasta file to assembly blastdb, parse blast output file into .bp file, parse .bp file to ...

生物情報の解析をしていると、NCBIで検索した遺伝子群の配列（mRNAやタンパク質）を一括で取得したいと思う場面がよくあります。 特に、「Send to → File」機能で得られる gene_result.txt のようなタブ区切りファイルから、自動的に配列を収集できたら便利です ...

Identity (%): sequence identity thresholds. Coverage (%): Alignment coverage of the leader sequence. Compression (%): percentage of the original size. Affected clusters: number of clusters with ...

ゲノム塩基配列データと遺伝子アノテーションのデータから、DDBJに登録する形式のファイルに変換するためのスクリプト群。 真核生物用、原核生物用、ミトコンドリア用に分かれています。 入力元ファイルとして、 ・ゲノムの塩基配列が記されたfasta ...

FASTA and FASTQ are basic and ubiquitous formats for storing nucleotide and protein sequences. Common manipulations of FASTA/Q file include converting, searching, filtering, deduplication, splitting, ...

GenBankはNLM/NCBIにて維持管理されている核酸配列データベースです。また、GenBankはEMBL, DDBJと三極間で 連携しながら国際核酸 ...

Our GenBank to FASTA Converter is a seamless web-based utility designed for molecular biologists and bioinformaticians. It efficiently transforms annotated GenBank files into the simplified FASTA ...